Sejumlah Negara Pakai Data Genom Cegah Gelombang II Covid-19
Terasjabar.id -- Para ilmuwan di sejumlah negara menggunakan data genom sekuensing untuk melacak infeksi baru. Mereka menilai cara itu bisa membantu mencegah timbulnya gelombang kedua virus corona Covid-19.
Para peneliti mengatakan bahwa genomik akan sangat penting untuk melacak dan mengendalikan wabah Covid-19 dengan cepat. Penelitian diklaim sudah menunjukkan bahwa wabah cenderung lebih pendek dan lebih kecil ketika genomik digunakan untuk membantu pelacakan kontak.
Melansir Nature, DNA virus yang beredar di berbagai daerah berangsur-angsur berevolusi ketika menyebar ke seluruh dunia. Dengan membandingkan urutan genom, peneliti dapat dengan cepat mengesampingkan kemungkinan jalur transmisi jika dua urutan tidak cocok atau menghubungkan kasus-kasus yang cocok.
Selain Selandia Baru dan Australia, para ilmuwan di Inggris, Amerika Serikat dan negara-negara lain juga mengurutkan SARS-CoV-2. Namun, mereka masih gagal melakukan pelacakan kontak dengan menggunakan sekuens genom karena epidemi di negara itu berlangsung dan jumlah kasusnya tinggi.
Australia sejauh ini telah mengurutkan genom SARS-CoV-2 sekitar tiga perempat dari sekitar 1.700 kasus negara bagian. Jumlah pengurutan itu dianggap sebagai cakupan pengurutan paling komprehensif di dunia untuk wabah penyakit menular.
Sebagai perbandingan, para peneliti yang bekerja pada epidemi Ebola pada 2014-2016 di Afrika Barat hanya mengurutkan 5 persen (1.610 sampel) dari semua kasus yang terinfeksi dalam waktu hampir 3 tahun.
"Tanpa genomik dan hanya wawancara, Anda tidak akan pernah tahu yang mana itu," kata Torsten Seemann, seorang bioinformatika di Institut Doherty untuk Infeksi dan Imunitas Melbourne.
Seemann mengatakan pihaknya sedang bersiap untuk menggunakan data genom untuk membantu mengidentifikasi kemungkinan asal kasus baru yang muncul seiring dengan pembatasan sosial dibuka di sejumlah wilayah di Australia.
Dengan data itu, dia berkata pejabat kesehatan masyarakat akan dapat membuat keputusan untuk mengendalikan wabah lebih cepat daripada yang mungkin terjadi dalam beberapa minggu pertama pandemi ketika hanya sedikit genom untuk dibandingkan.
Seemann menyebut genom virus akan bermutasi hanya cukup untuk mengetahui apakah mereka berasal dari luar negara selama dua bulan terakhir.
"Begitu kita mendapatkan urutannya, kita akan dapat mengetahui apakah itu melintasi perbatasan atau tidak," kata Seemann.
Di Selandia Baru, para ilmuwan sejauh ini mengurutkan 25 persen dari 1.154 kasus yang dilaporkan di negara tersebut. Pemimpin bioinformatika di Institut Ilmu Pengetahuan dan Penelitian Lingkungan Selandia Baru, Joep de Ligt mengatakan mengincar lebih dari 70 peersen sekuens genom untuk mendapatkan gambaran yang paling lengkap.
Dengan kasus yang lebih banyak, Konsorsium COVID-19 Genomics Inggris telah mengurutkan 20.000 genom virus, mewakili hampir 10 persen dari kasus yang dikonfirmasi. Meski belum optimal untuk mengendalikan, konsorsium berharap sekuens genom dapat mendukung penyelidikan epidemiologi.
Bioinformatika di University of Birmingham, Nick Loman mengatakan menggunakan genomik sebagai bagian dari respons terhadap wabah memiliki keterbatasan. Dia berkata pengawasan genomik mengandalkan pengujian diagnostik yang luas untuk menangkap urutan di tempat pertama.
Melansir First Post, otoritas kesehatan Amerika meyakini sekuensing genom dapat membantu menumpulkan gelombang kedua infeksi pada akhir tahun ini. Sehingga, mereka mulai menganalisis materi genetik virus corona untuk memungkinkan melacak asal-usul setiap wabah dalam beberapa bulan mendatang.
Urutan genom yang diperoleh kemudian ke database online global agar memungkinkan para peneliti dari negara lain mengamati perbedaan antara setiap sampel guna melacak penyebaran wabah.
Genom sekuensing atau Whole Genome Sequencing (WGS) adalah prosedur laboratorium untuk menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme dalam satu proses.
WGS menyediakan sidik jari DNA yang sangat tepat yang dapat membantu menghubungkan kasus satu sama lain sehingga memungkinkan wabah terdeteksi dan dipecahkan lebih cepat.
Langkah pertama untuk melakukan WGS pada bakteri misalnya, ilmuwan harus terlebih dahulu melakukan ekstraksi dengan mengambil sel bakteri untuk kemudian diberikan bahan kimia yang bertujuan untuk melepas DNA. Setelah itu, DNA dimurnikan.
Kedua, DNA dipotong menjadi fragmen, baik dengan menggunakan enzim 'molecular scissors' atau gangguan mekanis. Ketiga, ilmuwan membuat banyak salinan dari setiap fragmen DNA menggunakan proses yang disebut polymerase chain reaction (PCR). Kumpulan fragmen yang dihasilkan dalam mesin PCR disebut 'perpustakaan DNA'.
Setelah tindakan ketiga dilakukan, perpustakaan DNA dimuat ke sequencer. Kombinasi nukleotida (A, T, C, dan G) yang membentuk masing-masing fragmen DNA ditentukan dan setiap hasil disebut 'DNA read'.
Terakhir, sequencer menghasilkan jutaan pembacaan DNA dan program komputer khusus digunakan untuk menyatukannya dalam urutan yang benar seperti potongan-potongan puzzle.
Ketika selesai, urutan genom yang mengandung jutaan nukleotida (dalam satu atau beberapa potongan besar) siap untuk analisis lebih lanjut.
(jps/DAL/CNN)